Par attrait pour la contestation, Marcel Fournier choisit la sociologie plutôt que le droit au sortir du collège classique. Il est de la génération de l'après-guerre vouée à changer le monde. Épris de liberté, il lit Jean-Paul Sartre et Karl Marx, et s'abreuve aux revues Parti pris et Socialiste 64. Sous la conduite de Marcel Rioux, il consacre son mémoire de maîtrise au militantisme communiste au Québec dans les années 1920-1950.

Happé par la recherche, il s'inscrit au doctorat sous la direction de Pierre Bourdieu, dont l'oeuvre éclaire encore aujourd'hui les sciences humaines. Les deux hommes sont restés des amis jusqu'à la mort du sociologue français, en 2002.

Marcel Fournier estime que l'universitaire doit intervenir dans les affaires de la cité. Il participe volontiers aux débats politiques et linguistiques du Québec. Il s'intéresse en particulier à l'évolution des idéologies et à la sociologie de la culture et des arts. Parallèlement, au Collège de France, il accède au fonds d'archives de Marcel Mauss (1872-1950) et consacre plus de 15 années de recherche et de rédaction à la biographie intellectuelle du précurseur de l'anthropologie française. Publié chez Fayard, l'ouvrage connaît un succès retentissant en 1994.

Mais c'est la biographie du sociologue Émile Durkheim (1858-1917), parue quelques années plus tard, qui lui apporte véritablement la consécration. Traduite en plusieurs langues, elle est au programme dans de multiples départements de sociologie. Durkheim et Mauss sont unis par des liens familiaux, le premier étant l'oncle du second, mais ils le sont aussi par la signature du Québécois.

Le Département de sociologie offre un milieu de formation et de recherche stimulant centré sur les transformations des sociétés contemporaines et les phénomènes qui y sont associés.